Une salle d’asile, partie de l’ensemble scolaire protestant, fonctionne au vallon Jourdan depuis 1870.

Par la volonté du pasteur Édouard Sautter, en 1882 se créent deux classes primaires pour les fillettes de familles protestantes dans la villa d’une paroissienne, Mme Cosme. Les garçons y sont reçus en 1890 ainsi que les enfants catholiques.

Après les lois de séparation de l’Église et de l’État (1901), l’Association des Œuvres Protestantes gère les classes primaires et maternelle, une cantine et un patronage.
L’école est laïque privée, les institutrices sont : en 1888 Joséphine Lacastre et Anne Magdelaine, en 1891 Mme Leh (salle d’asile) et Dlle Larguier (primaire), puis Juliette Petit-Dubois remplacée par Pauline Claveyrol en 1924, Mlle Prunier de 1931 à 1968, Mme Pourpre.

En 1921, l’Association des Œuvres Protestantes d’Endoume se rend propriétaire des locaux et en 1929 le pasteur Martin-Favenc (président du Consistoire) entreprend la construction d’un lieu de culte sur le terrain de l’école. Cet ensemble paroissial important diffuse l’éducation chrétienne : ses locaux servent au catéchisme, aux Écoles du Jeudi et du Dimanche, aux réunions d’église et aux cultes dominicaux.

Au 168 rue d’Endoume d’autres locaux appelés « La Montée » accueillaient les enfants du patronage protestant.
En 1967, une parcelle détachée de la propriété, avenue David Dellepiane, est vendue à l’Église Réformée de Marseille qui y édifie une chapelle.
